Francesco d’Assisi, nella primavera del 1220, ritorna dall’Oriente dopo essere stato a Damietta e aver incontrato il Sultano d’Egitto Malek-el-Kamel, suscitando sentimenti di ammirazione. Tornato con una nave veneziana, probabilmente giunge a Torcello, centro storico di rilievo e sede del Vescovo.
In Italia, Francesco deve affrontare i problemi creati dalle numerosissime persone che desiderano seguirlo sulla strada del Vangelo, ma prendendo orientamenti diversi dalla sua intuizione originaria. Egli cerca un luogo di pace dove ritirarsi nel silenzio della preghiera. Giunge su una piccola isola, proprietà del nobile veneziano Jacopo Michiel, accolto dal canto di una moltitudine di uccelli; lo raccolta uno dei suoi biografi san Bonaventura da Bagnoreggio. Si deduce che quell’isola fosse l’attuale “San Francesco del Deserto” dal fatto che nel 1223 – appena 5 anni dopo la canonizzazione dell’assisiate – Jacopo Michiel dona l’isola ai frati minori, affermando che su di essa è già stata edificata una chiesetta dedicata a frate Francesco.
Gli scavi archeologici eseguiti in diverse epoche, soprattutto negli anni 1961-1965, hanno confermato quanto da sempre è stato tramandato dalle narrazioni storiche. Il nome del luogo risale al ‘400, quando l’isola san Francesco per alcuni anni rimane abbandonata – deserta – a causa dell’insalubrità della laguna.
Il fascino dell’isola è rimasto invariato per molti secoli, fino ad oggi. La comunità dei frati minori custodisce la memoria viva dello spirito evangelico di san Francesco conducendo una vita semplice nella preghiera, nel lavoro e nell’accoglienza di persone e gruppi che desiderano entrare nel deserto abitato da Dio e fare esperienza della pace ricercata e annunciata dal santo di Assisi.