I Frati Minori che vivono qui e sono al servizio del Santuario, sono stati chiamati il 18 giugno 1514con decreto del Consiglio Comunale di Peschiera. La loro presenza è stata forzatamente interrotta con la soppressione napoleonica nel 1810, e , per volere del popolo e del Comune, vi fecero ritorno nel 1898.
l convento, costruito con il beneplacito di Papa Leone X (14 gennaio 1518), è addossato al Santuario, racchiuso in due chiostri semplici, che si presentano nella purezza e linearità cinquecentesche. I due Chiostri vennero affrescati un secolo dopo.Passeggiando nella pace dei chiostri, i numerosi ex-voto, appesi alle pareti, ci raccontano l’umile e filiale riconoscenza delle moltissime persone che hanno ricevuto grazie dalla Madonna del Frassino.Una trentina di piccoli quadri, opera del pittore veronese Salesio Pegrassi (sec. XIX) illustrano le principali vicende del Santuariodalla nascita ai giorni nostri.Il Muttoni, nel 1653, decorò le pareti dei chiostri del convento dipingendo nel primo ventiquattro lunette con Storie della vita di S. Francesco d’Assisi e nel secondo altre ventiquattro lunette con Storie della vita di S. Antonio da Padova.